เข้ารับการศึกษาระดับประถมศึกษาจากโรงเรียนบ้านกล้วย อำเภอบ้านหมี่ จังหวัดลพบุรี จนสำเร็จการศึกษาชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 จากโรงเรียนประจำอำเภอจังหวัดนั้น และมาศึกษาต่อในกรุงเทพมหานครที่โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย จนสำเร็จการศึกษาชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5 เมื่อปี พ.ศ.2509 จากนั้นได้สอบเข้าศึกษาต่อในคณะครุศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และสำเร็จการศึกษาปริญญาตรี ในปี พ.ศ.2512

          จากคำบอกเล่าของคุณแม่ของโกมล นั้น เมื่อเริ่มจากชั้นประถมและมัธยมศึกษาโกมล  ก็เหมือนเด็กผู้ชายไทยธรรมดาที่เรียบร้อย ว่าง่าย และเชื่อฟังพ่อ- แม่ แต่จะมีลักษณะพิเศษอยู่บ้างตรงที่เป็นเด็กช่างคิด ช่างฝัน และค่อนข้างเงียบขรึม โกมล คีมทอง เป็นตัวอย่างที่ดีของผู้ใฝ่หาความรู้อย่างมีแบบแผน มิได้ใช้เพียงมองดู อ่าน สำรวจ และสังเกตเท่านั้น แต่ยังช่างซักถาม ช่างคิดค้นคว้าและทดลองกระทำอีกด้วย กิจกรรมต่างๆ ทั้งภายใน และภายนอกมหาวิทยาลัย ทำให้สามารถสร้างสมประสบการณ์และพัฒนาความคิดได้อย่างเป็นระบบ เช่น เมื่อเป็นสาราณียกรของคณะครุศาสตร์ ผลงานการทำหนังสือได้แสดงความคิดริเริ่มในทางสร้างสรรค์ เป็นต้น

          โกมล คีมทอง สนใจงานอาสาสมัคร งานเสียสละ เท่าๆ กับงานด้านความคิด งานด้านปรัชญา เขาไม่เพียงแต่สนใจเพราะความสนุก เพราะแฟชั่น หรือเพราะความขี้โอ่ที่จะอวดแก่ชาวบ้านเท่านั้น แต่เขาสนใจที่จะศึกษาถึงแก่นแท้ของค่ายว่าคืออะไร งานค่ายนั้นมีความสำคัญอยู่ที่ไหน เมื่อสำเร็จการศึกษาจากคณะครุศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย แล้ว โกมล คีมทอง ได้ก่อตั้งและเป็นครูใหญ่โรงเรียนประชาบาลที่เหมืองห้วยในเขา ตำบลบ้านส้อง กิ่งอำเภอเวียงสระ จังหวัดสุราษฎร์ธานี จัดการศึกษาแบบ โรงเรียนชุมชน โดยมีความมุ่งหมายให้โรงเรียนนี้เป็นศูนย์รวมทางประสบการณ์ของชาวบ้านและเด็กๆ สร้างความสัมพันธ์ระหว่างโรงเรียนและชุมชน ให้ชาวบ้านรู้สึกว่ามีสิทธิ์เป็นเจ้าของโรงเรียน ต่างช่วยเหลือเกื้อกูลกัน ค้นหาสิ่งที่ดีงามต่างๆ ที่ชุมชนนั้นมีอยู่ เช่น มโนราห์ นิทานชาวบ้าน พยายามส่งเสริมค่านิยมทางจิตใจ และเจตคติด้านความรักท้องถิ่น นับว่าเป็นตัวอย่างของคนหนุ่มที่มีความคิดและปรับเปลี่ยนความคิดออกเป็นการกระทำ ด้วยความมานะพยายามและความเห็นแก่ประโยชน์ส่วนรวมเป็นที่ตั้ง 

          ผู้ที่ได้เคยร่วมงานกับครูโกมล มักจะพูดเสมอว่าครูโกมล คีมทอง เป็นแบบอย่างของคนรุ่นใหม่ที่มีอุดมคติของความเป็น "ครู" ที่มีความกล้าหาญ เสียสละ มุ่งมั่น และเอาจริงเอาจัง ในอันที่จะอุทิศตนเองให้กับการศึกษาและสังคมในชนบทโดยแท้

          ครูโกมล คีมทอง ถูกลอบสังหารในขณะออกเยี่ยมชาวบ้านในบริเวณพื้นที่ที่มีผู้ก่อการร้าย เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2514 แม้ว่าครูโกมล คีมทองจะมีชีวิตอยู่เพียงย่างเข้าวัยเบญจเพส แต่ประวัติในด้านการศึกษาและความเป็นครู ก็มีสาระดีเด่นพอที่จะยึดถือเป็นแบบอย่างของครูรุ่นใหม่ได้เป็นอย่างดี ในปี พ.ศ. 2535 สำนักงานเลขานุการคุรุสภา ได้นำประวัติของครูโกมล คีมทอง พิมพ์เป็นเกียรติประวัติใน ประมวลประวัติครู เนื่องในงานครบรอบ 100 ปี กระทรวงศึกษาธิการ

          แบบอย่างของครูโกมลได้สร้างความศรัทธาให้กับผู้อยู่ข้างหลัง ร่วมกันจัดตั้งมูลนิธิในนามของเขา คือ มูลนิธิโกมล คีมทอง ขึ้นในปี พ.ศ. 2514 โดยมิใช่เพื่อเป็นอนุสรณ์แก่เขาเท่านั้น หากยังมีวัตถุประสงค์เพื่อสานต่อและสนับสนุนผู้มีอุดมคติให้แพร่หลายในสังคม และเพื่อกระตุ้นเตือน สนับสนุนให้บุคคลมีความเสียสละเพื่อสังคม มีอุดมคติ และเป็นผู้นำชุมชนที่ดี

          กิจกรรมของมูลนิธิโกมล คีมทอง มีหลากหลาย เช่น จัดพิมพ์หนังสือต่างๆ ที่เสนอแนวความคิดใหม่ๆ แก่สังคม อันได้แก่ แนวศาสนธรรมประยุกต์ แนวเกษตรกรรมธรรมชาติ แนวนิเวศวิทยา แนวอหิงสา-สันติวิธี แนวสุขภาพและวัฒนาอายุรศาสตร์ นอกจากนี้ยังจัดทำวารสาร ปาจารยสาร หนังสือพิมพ์ ชาวบ้าน และให้ความสนับสนุนโครงการต่างๆ ที่ยังประโยชน์ให้สังคม เช่น โครงการค้นคว้าเกี่ยวกับสมุนไพรพื้นบ้านเพื่อการพึ่งตนเอง โครงการอาหารกลางวันเด็กนักเรียน โรงเรียนหมู่บ้านเด็ก โครงการแด่น้องผู้หิวโหย โครงการห้องสมุดแสงตะวัน โครงการปันรักเพื่อเด็กเร่ร่อน ฯลฯ 

          ในปี พ.ศ. 2539 มูลนิธิโกมล คีมทอง ได้จัดพิมพ์หนังสือ 3 เล่ม คือ คมความคิดครูโกมล, โกมลคนหนุ่ม รวมข้อเขียนแห่งความบันดาลใจ และ โกมล คีมทอง ปรัชญา และปณิธานแห่งชีวิต โดยมีวัตถุประสงค์ เพื่อรำลึกถึงวาระครบรอบ 25 ปี ของการก่อตั้งมูลนิธิ ฯ และเพื่อให้คนรุ่นใหม่ได้ทราบถึงประวัติและความคิดของ คนหนุ่มคนหนึ่ง… ผู้ยอมตนเป็นอิฐก้อนแรกจมอยู่ใต้ดินให้อิฐก้อนอื่นๆ ทับถมเป็นทางเดิน และให้อิฐก้อนบนสุดเป็นที่ปรากฏเป็นที่รู้จักของสังคม คนหนุ่มคนหนึ่ง…ผู้มีส่วนจุดประกายไฟศรัทธาต่ออนาคตขึ้นในหัวใจของคนหนุ่มสาว และเพื่อสานต่อเจตนารมณ์ และความคิดเชิงอุดมคติของครูโกมลให้เกิดเป็นจริงขึ้น โดยหวังว่าจะสามารถก่อให้เกิดแรงบันดาลใจและจิตสำนึกในฝ่ายดีขึ้น ในหมู่คนหนุ่มสาวรุ่นหลังอย่างต่อเนื่อง เป็นกระแสแห่งสำนึกอันงดงามยั่งยืนสืบไป